Fue fundado por iniciativa del Rotary Club Carhué y de un grupo de vecinos quienes conforman la Asociación de Hecho “Museo Regional Dr. Adolfo Alsina” y le encomiendan la tarea de dirección al historiador local y aficionado a la temática aborigen y campañas al desierto, don Rubén Báez Eugui. La inauguración se llevó a cabo el 10 de noviembre de 1963 estando presidida por el Int. Municipal Edgardo J.C. Chiodi (1963-1966).
En 1967 el Intendente Dr. B Orlando Bedacarratz(1966-1971) decreta con fecha 30 de mayo de 1967 la constitución de la Comisión “Pro-municipalización del Museo Regional Dr. Adolfo Alsina”.
Dicha comisión eleva en junio de 1967 el informe sobre el posible nuevo sitio del museo, ubicado en Laprida y Rivadavia que fuera conocido como la “vieja comisaría”. Dicho edificio había sido construido en 1906 y fue hasta 1931 la Comisaría de Carhué.
Los integrantes y administradores de la Asociación de Hecho “Museo Regional Dr. A. Alsina” realizan la donación al municipio en julio de 1967 de todos lo bienes inventariados.
El 21 de enero de 1971, conmemorando el aniversario de Carhué, es inaugurado el Museo Regional “Dr. Adolfo Alsina” en sus nuevas instalaciones y bajo la tutela y la administración municipal. (Actual emplazamiento)
En 1993 se crea la “Asociación de Amigos del Museo” para brindar apoyo al mismo.
Desde 1995 la Dirección del museo estuvo a cargo de la misma por Jubilación de don Rubén Báez Eugui, a cargo por más de 30 años.
En el año 2000 fue nombrado el actual director Lic. Gastón Partarrieu.
Entre 2008 y abril de 2010 durante la gestión del intendente Alberto Gutt (1996-2011) el edificio y su muestra fueron íntegramente remozadas, luciendo como uno de los mejores museos de la región. En 2015 se inauguró el Archivo Histórico, dependiente del museo, que ha permitido descomprimir y poder conservar mejor el importante material con que se cuenta. También desde la Dirección del museo se han proyectado ampliaciones que están siendo evaluadas para darle un mayor alcance comunitario a la institución fundada en 1963.